Если вы установили программу в DropBox которая одновременно работает на нескольких компьютерах, то будьте готовы к появлению кучи conflict файлов.
Однако в наше время многопользовательский софт необходим, а писать его используя какие-то сайты - крайне неудобно. Для версионности конечно же правильнее всего использовать различные GitHub а для решения простых многопользовательских задач нужно уяснить одно простое правило:
Два пользователя не должны писать в один файл.
Соблюдая это простое правило у вас никогда не появится конфликтных версий в DropBox, а значит все ваши данные останутся в целости.